称为“老一官”
平户岛为当时日本对外贸易中心，各国商船云集由于郑一官熟悉海外事情，又善外交，为日本政府所重视，初召后“屡访藩士家”后迁肥前国平户，受到松浦侯优遇，松浦侯为在长崎附近平户的河内浦千里滨赐宅地建新居，并介绍平户侯之家臣田川昱皇之女田川松缔婚
田川昱皇即翁昱皇，是中国迁平户的侨民，在日本为田川氏田川松日本人，系翁昱皇养女，故又称翁氏田川氏，年方十七，性端淑成婚翌年，甲子古历七月十四日辰时，田川氏出游千里滨，拾文贝，俄将分娩，未及回家，乃依滨内巨石以诞，是为长子郑森
郑一官并没有在日本看着老婆孩子过平静的生活，他在义父李旦的指派下去给西班牙人做了通事，主要负责联络明国海盗，共同对付朝廷水师，劫掠商船
郑一官并不习惯在气焰嚣张的西班牙贵族手下干活，终于有一天他开始了第一次反水行动，带着七八个兄弟干了一票大买卖，把西班牙人的航班时间表出卖给了西班牙的死敌荷兰人，从此站到了海洋新秀荷兰人一边
郑一官和荷兰人、英格兰人结成了松散的同盟，共同打击西班牙人，顺便兼做海商和海盗，垄断了福建广东往旅宋、倭国方向的贸易，一时间财源广进
两个月后，身为倭国长崎、平户侨领的李旦在平户去世了李旦死后，他的产业和事业都归郑一官所有，骤然得到大批财富和帮手的郑一官自信心爆棚，居然联络了一帮好汉意图推翻德川幕府！
这批从事海外冒险的闽南人还没有正式举事，就被人告发了，郑一官率众仓惶分乘十三艘船出逃驶至九洲西海岸的外岛洲仔尾，部属陈衷纪建言：“吾闻台湾为海上荒岛，势控东南，地肥饶可霸，今当先取其地，然后侵略四方，则扶余之业可成也”
郑一官深以为然，率队抵达台湾伐木辟土，构筑寮寨与此同时，派人率船队赴漳、泉故里招募移民，前后计三千余众垦民分成十寨，发给银两和耕牛、农具等，开始了台湾最早的大规模拓垦活动同时组织海上捕鱼和岛上捕猎，发展山海经济，以解决移民生产和生活的物质需要
郑一官自立门户后，从福建招徕了郑兴、郑明、杨耿、陈晖、郑彩等部将下设参谋、总监军、督运监守、左右谋士等，代统一寨众目，建立了初具规模的郑氏地方统治政权他将部下分为十八先锋，结为“十八芝”，并从此改名为“芝龙”，而不再称“一官”郑芝龙继续拓垦大业，势力不断壮大，成为当时海上最大的武装集团“凡我内地之虚实，了然于胸加以岁月招徕，金钱所诱饵，聚艇数百，聚徒数万……礼贤而尚士，劫富而施贫，来者不拒，而去者不追”
此时隔海相望的福建发生严重旱灾，遍野赤土，许多村落连草根树皮都被吃尽郑芝龙利用此机会，自率船队袭击福建、广东各地纵横东南海上，声势所向披靡，官兵疲於奔命，莫可奈何奔袭中，郑芝龙等还招抚了泉州饥民数万人赴台拓垦，沿海饥民及无业者竞往投靠这一仗郑芝龙打败官兵了，使厦门从此成为郑氏的地盘，势力日益强盛，官兵不能敌，明朝官方从海洋退缩，海商和海盗成为海上的统治者郑芝龙海上势力的日益扩张强盛，引起朝廷的恐惧，多次派兵追剿，但均失败朝廷既无力剿灭郑芝龙，又为了利用这支海上势力与西夷抗衡，镇压其他“海盗”，只好对郑芝龙施行绥抚
福建巡抚熊文灿允诺给郑成功一个五虎游击将军的头衔，从此郑芝龙有了合法的官方身份，并且离开他多年经营的海上贸易根据地台湾，坐镇闽海此时，郑芝龙有部众3万余人，船只千余艘当年闽南又遭大旱，饥民甚众郑芝龙，再度招纳漳、泉灾民数万人，“人给银三两，三人给牛一头”，用海船运到台湾垦荒定居，使得台湾的实力进一步增加
成为明朝官军的郑芝龙剪除群雄，合法控制了东西洋贸易，并且将大批民众迁往自