轻的皇子上台了;同时他散布谣言，证实穆斯塔法皇子已经接受了这个建议。苏莱曼被谣言激怒，他开始相信穆斯塔法皇子确实想抢班夺权，结果第二年夏天，远征军从波斯回国途中，苏莱曼把穆斯塔法皇子召到自己在埃雷利河谷(今属科尼亚省)的大帐中。
穆斯塔法皇子面临一个选择:如果真的去他父皇那里，他得冒着被处死的生命危险;如果他不去，则会被指控叛君叛国。最后，穆斯塔法皇子以为有军队的支持，自己不会有事，还是选择了去父皇的大帐。据说吉汉吉尔皇子在得到他同父异母兄长的死讯几个月后就因悲伤过度而死。苏莱曼将帝国的两个不同部分的指挥权授予其他两位还活着的皇子:巴耶济德和塞利姆。但几年内两位同胞兄弟就因争夺皇位而暴发内战，他们各自有一支支持自己的皇家军队。在父皇军队的帮助下，塞利姆于1559年在科尼亚击败了巴耶济德，巴耶济德皇子和他的四个儿子只得逃往波斯，寻求波斯人的庇护。苏莱曼苏丹要求波斯沙赫塔赫玛斯普一世交出巴耶济德或者处死他，作为外交上的交换条件，沙赫将获得一大笔数量的黄金。沙赫同意了交换条件，1561年，他让土耳其刽子手把巴耶济德及其四个儿子绞死了。如此一来，塞利姆成为唯一活在世上的皇子，为他七年后(1566年9月5日或6日)登上皇位扫清了障碍。苏莱曼从伊斯坦布尔出发再次远征匈牙利，在奥斯曼人取得西盖特瓦尔战役的胜利之前离开了人世，享寿72岁。
苏莱曼大帝迷上了一个罗塞尼亚血统的后宫少女许蕾姆。西方的外交官们听闻宫中闲聊到她的斯拉夫人出身时，都管她叫"鲁塞拉齐娅"(russelazie)或者"罗克塞拉娜"(rox）。许蕾姆是一位东正教神父的女儿，后被俘虏，送入帝国后宫，很快成了苏莱曼大帝的宠妃。苏莱曼大帝为了迎娶她为合法的妻子，不惜破坏奥斯曼帝国延续两个多世纪的不得娶外族姬妾为妻的传统，这大大出乎宫中乃
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至整个伊斯坦布尔的观察家的预料。苏莱曼还允许许蕾姆苏丹陪伴他在宫中度过余生，这就破坏了另一项传统:当一位王子成年后，他会被派往帝国的边疆省份做总督，他的生母也要随行，除非他本人或者后代登上皇位，否则其生母不得回京。
苏莱曼大帝曾经用笔名"穆黑比"(muhibbi)为许蕾姆苏丹创作了下面这首诗:"我寂寞壁龛的宝座、我的爱、我的月光。我最真诚的朋友、我的知己、我存在的理由、我的苏丹、我唯一的爱。美人中最美的人……我的春天、我面露欢快的爱、我的白昼、我的甜心、带笑的树叶……我的绿树、我的芳香、我的玫瑰、这世上唯一不会让我悲伤的人……我的伊斯坦布尔、我的卡拉曼、我安纳托利亚的土地。我的巴达赫尚、我的巴格达和霍拉桑。秀发亮丽的我的妻、蛾眉弯弯的我的爱、眼中充满淘气的我的爱……我会永远歌唱你的赞歌。我，痛心的爱人、眼中充满泪水的穆黑比，我很快乐。"
许蕾姆苏丹不仅在帝国后宫有很大的影响力，还积极参与苏莱曼大帝的政治生活。他们的孩子塞利姆王子在苏莱曼大帝去世后继任苏丹之位。
易卜拉欣夏帕年少时就与苏莱曼大帝成了好朋友。他原信希腊正教，长大后在德夫希尔梅(dev?irme)制度下进入宫廷学校学习。苏莱曼先让他做皇家放鹰者，然后擢升他为寝宫的侍卫长。1523年，易卜拉欣帕夏晋升为大维齐尔和全军的总司令。苏莱曼还授予易卜拉欣帕夏鲁米利亚贝伊莱尔贝伊(beylerbey，意为"众贝伊之贝伊")的荣衔，把帝国在欧洲的所有领土的管辖权以及驻扎在这些领土上的所有军队的战时指挥权交给他。根据17世纪一位编年史家的记载，易卜拉欣帕夏曾请求苏莱曼大帝收回成命，不要把他擢升到如此高位，