前些天，托了小兰的好手气，主角团拿到了海上自卫队神盾舰穗高号的参观券。
【如果是在军舰上，那你联系不上我了，】{sei}对柯南这么说道：【各国现在还不允许我全面接管军事方面的设备。
柯南觉得这很正常——一个已经基本上接管了民生的ai，如果再让它全面接管军事，那无异于把自己的咽喉要害送到非人类领导者的手里。
他们提前一天到了船只发出的地方，不出意外地又遇到了事件——点心店里最受欢迎的巧克力味点心全部不翼而飞。
旁听的浅川和树：真相居然会是做点心的师傅压根没做巧克力味你敢信？说什么前任社长是保守派、不想在他的忌日做他不喜欢的新口味……那有本事就别顺着时代的风口改配方啊？
他抬起手，给库拉索打了个电话：“库拉索前辈，我需要你帮我一个忙……放心好了，我亲自来给你处理假身份，军舰上的人不会把你当成间谍的。”
在上船检查的时候，军方扣下了参观者们的手机，但少年侦探团的定位手表和柯南的各种小道具是他们认知以外的东西，所以他们完全没检查。
接下来，航海长热情洋溢地给众人展示了这艘承载了来自国的超高科技的舰船。
“为什么不让ai来处理这些复杂的数据呢？”光彦发问了。
“怎么可能让ai来管理这种危险品啊，”航海长摆摆手：“一个国家的武力当然是要掌握在自己手里。”
通过柯南的手表旁听的浅川和树：说出这种话你不觉得心虚吗？
这时，音感超强的柯南听到了诡异的排水声，直觉可能出了问题——但直到他进入控制室才确认了这一点。
——本来预计的模拟对敌，转眼间变成了实操……一艘小船不打招呼地朝军舰驶了过来。
舰船上的先发射炮弹将其击沉，而后才对其详细观察——确认那只是一艘{无害的废弃渔船}后，众人才松了一口气。
但柯南总觉得事情没有这么简单——他注意到，有个和自己站在一起孩子，他身边的大人失踪了很长时间，直到意外事件结束才现身。
接下来，柯南好运地遇上了船上最高军衔之一的藤井，对方还因为貌美被毛利小五郎纠缠了一阵，无奈之下和主角团拍了合照。
日常剧情拖到这里也差不多了，柯南例行到了要找卫生间的时间，而小兰也顺着命运的指引带着他直冲不许旅客踏足的禁入地区——他们顺理成章地看见了被排水口吸进来的、属于军士官的手臂。
小兰给警惕地盯着他们的工作人员递了万能的名侦探名片，帮毛利小五郎获得了加入调查的机会。
而柯南……他跑到角落里，不顾船上严禁对外联系的规定，开始给服部平次打电话。
旁听的浅川和树：事件发展逐渐脱离现实。
之后看见柯南跟踪那个情报部门专门派来查间谍的女海佐藤井时，他感觉这已经没什么可惊讶的了。
柯南很怀疑这个行动时主动避开航海长的女海佐。
“你们查到这个人的信息了吗？”
灰原哀疑惑：【你那边的信号怎么这么不稳？
柯南丝毫没有自己是在犯法的自觉：“为了防止被发现，我躲到电波侦测不到的房间了。”
阿笠博士的态度很随意：【那我现在帮你把手表调到军舰电波不能侦测到的模式吧。
旁听的浅川和树：6，阿笠科技，如此强劲，令人惊叹。
灰原哀告诉柯南，他们没查到军舰名录上有这个女海佐的名字。
这时，被柯南召唤而来的服部平次眼睁睁看着港口的工作人员在海里捞上来了军舰上胳膊的主人的剩余部分——这是一名本该在舰上的海尉。
既然有案