特种作战，后来多次派人深入辽东袭扰是敌后游击战，最后辽东决战时指挥十二万大军先设下陷阱重创后金主力，再大军合围一举成功是大兵团作战，多年派遣奸细深入虏地打探情报、策反敌军是情报战，各种战术样样精通。
能管理朝廷支援以前资源极其匮乏、环境险恶，每天都有人饿死，人数多达几十万辽东军民的东江镇没有出大的内乱，毛文龙的行政能力也是顶尖的，绝大多数明朝文官都及不上。手下将军也有很多人才，这样一支大军的经验、技战术水平和战略思想是一个大宝库，必须好好整理研究一下。
这就是沈阳建议崇祯接见毛文龙时挑选京营和枢锐营高级军官在现象聆听观摩的原因，沈飞建议组织编写东江军作战史，把历次大小战争的过程都整理出来，作为其他军镇和国子监军校的学习教材。采用双向交流的方式，一方面派国子监军校和京营、枢锐营军官去东江镇，一方面请东江镇部分将士来北京城，一起整理编写研究战史，总些出一些普遍适用的战略思想、战术原则和战争技巧普遍推广，还可以挑选出部分来作为科举制军事内容的考题。