，转而攻击荷兰人。
厦门谈判： 1623年11月，南居益故意邀请荷兰人前往厦门谈判，在宴会上囚禁荷兰代表团，并趁机袭击烧毁了入侵明朝沿海的荷兰战舰。
战况： 1624年2月，福建巡抚南居益亲自乘船到金门，下令明军（总兵力达1万人、兵船2百艘）渡海出击收复澎湖。福建总兵俞咨皋、守备王梦熊，率领兵船至澎湖，登陆白沙岛，与荷军接战。荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。
1624年7月，南居益又派出火铳部队支援，明军发动总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，然后双方又形成僵持的局面。
1624年8月，明军再次兵分三路，直逼夷城，荷兰人势穷力孤，不得不撤离占领了两年的澎湖。
结果： 1624年9月，巡抚南居益、总兵俞咨皂统率三军与荷军苦战七个月，炸毁红毛城，终于收复澎湖，荷将高文律等十二人被捕。此一战役，明军共动用兵船二百只，兵力一万人，交战七月，耗军费达十七万七千余两，明军生擒荷军守将高文律，其余荷兰残兵败将仓皇逃往台湾南部。荷将高文律后被送往北京斩首。明朝取得了澎湖之战的胜利，成功收复了澎湖。
这场战争的胜利，成功捍卫了国家主权，对西方侵略者、殖民者进行了惩罚。