好说歹说，这才将这个皇帝给劝走了。不过走的时候，朱由校拿走了李峰编写的全套教材，说是要自己看看，回头不懂的，再问李峰。除此之外，还给李峰封了一个侍读学士的头衔，为的就是到时候好给他讲课。
送走了皇帝，李峰终于将精力完全扑在了皇家学院上来。每天讲课，培训教授们，然后再让这些教授们去给其他的学生上课。他主要就是每天上两堂大课。
好在这个时候的课程，不需要他上的有多高深，因此进度上走的并不快。但是他力求上一课，就让这些学生们进行差不多一个星期的大讨论，并且多联系实际，进行动手实验。
比如第一堂化学课结束之后，对二氧化碳的实验，就差不多进行了一个月的时间。学生们几乎将所有能够燃烧的东西都烧过了，也测试了几乎所有的矿石。他们甚至在李峰的指导下，测量了这种炭和氧气化合物的炭和氧气的成分比重。
女子班的学生们也毫不逊色，沈婉甚至发现了往石灰水里吹气，也能让澄清的石灰水变浑浊，从而有了一个伟大的发现，那就是动物会将呼入的氧气，转变成炭和氧气的化合物。因为这个发现，沈婉受到了一次全院的嘉奖通报。
在物理课上，李峰提出了要确定了长度时间的问题。时间好办，将每天分成二十四个小时，每个小时六十分钟，每分钟六十秒。然后李峰就鼓励大家，开动脑筋如何将这时间测准。
至于更难的问题是长度的问题。大明是有长度单位的，但是却不大统一。中国传统的尺寸，据说是夏朝的王——大禹制定的，大禹将自己的身高定为一丈，将这个长度分为十份，每一份就是一尺。后来，汉代又将一百粒粟子排在一起，将这个长度定为一尺。可是这个标准就变化大了，南方的粟子和北方的粟子，大小上，多多少少都会有区别，这就导致了大家的尺子都不一样长。这也是标准化生产时碰到最大的难题。
为了以后计算的方便，李峰在皇家学院里推行十进制的长度单位。最基本的单位是米，一米的长度，李峰将其定为朱由校脚长的四倍。因为他看到朱由校的脚大小差不多就是后世40的鞋子，乘以四，和后世的一米差不了多少。
为此，他专门带着几个人到了皇宫，将这个长度确定下来。然后这个长度被刻画在一个钢制的米原器上，规定，米原器在冰水混合物中，两个刻度之间的长度，就是一米。这个米原器被保存在一个玻璃的容器里，里面的氧气被用酒精灯消耗殆尽，防止氧化。
确定了米，其他的厘米毫米，千米就好办了。终于，在皇家学院，一场轰轰烈烈的标准化变革开始了。重量，质量，时间，长度，温度等等的标准，都开始着手制定。只有这些标准制定好了，科学研究才会有标准可循。
皇家学院这边进入正常轨道之后，李峰便将家人都接到了皇家学院这边居住。沈佳一来这里，就喜欢上了这里的环境。这儿安静优雅，还有很浓的学术气氛。尤其是楼里的那些设施，让大家十分喜欢。
李大力更是欢喜，将院子里的花花草草一下午就给拔个精光，开出了一片菜园，待到李峰回来看到的时候，已经既成事实了。
虽然那武备学院是属于皇家学院的分院，但是这段时间武备学院的学员们，却是将大多数时间用在了军事训练上。
队列训练、体能训练、射击课、骑马、刀枪刺杀、文化基础课程。这些课程李峰将大纲交给马铁之后，便不用他操心了，只是偶尔去检查一番就成了。
后来熊廷弼主动要来皇家学院，李峰便将武备学院那一摊交给了他，但是必须要按照自己的大纲进行训练。熊廷弼倒是对李峰很认可，也听从他的安排。这老头，到了皇家学院之后，便挑了一栋紧挨着李峰家的别墅住着，有事没事便前来讨口酒喝。
按照李峰的设想，等到半年的军事训练结束之后，便会在这些学员