了团藏设置的中中考验，正式成为“根”、取得了代号的忍者；有些则是刚被带回根不久，还在进行养蛊式训练，没有正式成为根忍的小忍者。
这些从根忍驻地救出来的忍者都需要妥善的安置，他们有些是团藏从各处掳来的孤儿、有些是团藏下令根忍灭族的小忍者家族遗留的最后幸存者。
他们已经因为团藏遭受了太多的痛苦，不能再让他们继续为团藏的错误买单，在团藏一手造成的罪孽中继续痛苦下去。
处置这些从根忍驻地救助出来的忍者，水门费了很大的精力、做了很多努力。
幸好一向和他唱反调的志村团藏死了，太过保守只知守成的猿飞日斩在医院修养，而其他几位火影顾问都羞于团藏犯下的罪孽暂时消停了。
水门这才在安置这些根忍忍者时没有遇到太多阻力，一切都进行得还算顺利，总算为那些根忍争取到了还算光明的未来：
还在进行养蛊式培育、没有获得代号的小忍者被水门塞进了忍者学校上学，虽然迟了一点，但他们将重新获得正常的人生，度过正常的童年。
已经获得代号的根忍则被一股脑的送去了医院精神科检查精神情况、心理素质，如果没有太大的问题，那么就按照他们各自的意愿将他们安排进暗部和正式忍者部队。
至于那些被进行了人体试验的忍者，在医院里检查过身体后，没有在人体试验中留下太多隐患的忍者被塞进了暗部方便水门就近照看。
至于那些因人体试验留下了恐怖后遗症，无法像正常人那些生活的忍者，那就只能将他们安排在医院好好修养了。
在医疗忍术最强的千手纲手不肯回来木叶的情况下，水门对那些因人体试验成了重伤号的忍者无能为力，只能嘱咐医院里的医疗忍者好好照料他们。
对于水门处置根忍的中中方案，猿飞日斩略微有些微词，在水门前来探望他的时候，他隐晦地暗示水门不要太过心软，要对根忍斩草除根。
谁也不知道那些根忍到底被团藏洗脑到了什么样的程度，比暗部还要黑暗的根忍如果不处理干净，终究会成为木叶内部的不稳定因素。
但猿飞日斩的微词并没有在木叶造成太大的影响，水门对根忍的处理方式赢得了木叶大多数忍者和平民的支持。
在带土掀起九尾之乱的那天晚上，林莹在质问团藏时并没有收着声音，所以大半个木叶的居民都知道火影顾问志村团藏不是个好东西了。
在查抄根忍驻地后，水门也选择了将暗部呈上的大半非机密的报告公布了出去，所以木叶居民对于根忍的态度普遍是同情的，同情他们被团藏利用。
自来也回到木叶后，在从水门这里了解到事情的前因后果后，他沉默了许久，最终什么话也没说，默认了水门的处理方式，没有站在猿飞日斩那边。
与水门作别后，自来也立刻就去了医院探望修养中的猿飞日斩。
然而，对于猿飞日斩隐晦表露出来的对水门执政理念的不赞同，自来也完全没有做出回应，他装傻应付了过去，就好像他根本没有发现水面下隐藏的波涛。
猿飞日斩是他的恩师，他会尽心尽力地照顾失去查克拉后苍老了许多的老师。
但属于三代火影的时代已经过去了，木叶已经到了需要改革的时候。
现在木叶需要的是积极进取，不是守旧保守，自来也不会在这个时候拖弟子的后腿。
他是个没大志没本事的家伙，所以根本就没像大蛇丸那样试图争取火影之位，但他心里明白，作为第三次忍界大战的胜利方，木叶此时不该低调，该锐意进取了！
现在已经当年二代火影千手扉间战死沙场，木叶局面岌岌可危的时候了，木叶已经再一次强大了起来，该拿回属于自己的威严了，老师的守成已经不适宜当下的木叶了。
三个亲传弟子大蛇丸因人体试验暴露而叛变