神盾局特工前往格林威治整理索尔战斗后的残骸，并接到一起报案。
狂暴战士（兰道夫教授）留下的手杖（一部分）被狂热宗教分子找到，他们企图找到完整的武器。被神盾局及时阻止。
sif 为了抓捕lorelei来到地球，在神盾局的帮助下sif顺利完成任务。
神盾局在不停调查千里眼以及蜈蚣计划。神盾局总部汉德，sitwell 以及布莱克前往支援并了解科尔森的情况。
在追捕千里眼过程中，布莱克受重伤被救回。sitwell 接到总部的通知让他前往雷姆利亚星执行任务（其实是收到命令去研究之行 zo 博士的算法）
2014年，美国队长在跑步时结识了猎鹰。
美国队长带领黑寡妇与朗姆罗（交叉骨）实施雷姆利亚星的营救任务，被困人质包括高级特工西德维尔。美国队长发现黑寡妇在执行自己不知道的任务（复制雷姆利亚星的行发射文件）。
fury 告知了美国队长“洞察计划”，美国队长表示了反对。
美国队长前去看望了卡特。
fury 发现自己无法读取黑寡妇带回来的文件，意识到洞察计划有问题，于是向皮尔斯申请推迟该计划。皮尔斯表示允许。
fury 在路上遭到皮尔斯安排的围攻，他奋战逃脱后到了美国队长的住所。皮尔斯利用此事件成功诱骗安全理事加速推进洞察计划。
暗语交谈过程中被巴恩斯远距离枪击。美国队长追击未果，莎朗卡特袒露身份。
美国队长被皮尔斯安排人追杀。在神盾局总部的电梯里，rumlow 带人与罗杰斯大战，结果失败。
顺利逃脱后，美国队长与黑寡妇根据后者偷取到的情报找到了原神盾局总部，并在 zo 博士的叙述中了解到了神盾局与九头蛇的真实情况。随后神盾局发射导弹轰炸了这里。
美国队长与黑寡妇找到了猎鹰，他揭示了自己的身份并愿意支援美国队长。
美国队长联合猎鹰与黑寡妇挟持了西德维尔并获知了关于洞察计划的秘密。挟持他之前，sitwell 正在和 stern 议员聊天。
美国队长等人在路上遭到九头蛇伏击，在与对手持续大战后，美国队长发现对方头号杀手居然是自己最好的朋友巴恩斯。
美国队长三人被擒，但在押送过程中被希尔救下。
希尔带美国队长等人前往了 fury 的藏身处，并制定了作战计划。
美国队长与鹰眼正面进攻神盾局总部，黑寡妇与 fury 成功配合将皮尔斯击毙。
美国队长为了阻止洞察计划，与巴基大战，最后成功放入芯片阻止了九头蛇的阴谋。但为了就巴基，美国队长从高空跌落，被巴基救回在岸边。
与猎鹰肉搏大战的 rumlow 被大火烧成重伤，但并未死亡。
神盾局总部大战后，希尔加入斯塔克工业，莎朗卡特进入cia。
总部之外，神盾局的各个基地和队伍都受到了九头蛇的攻击。由高级特工冈萨雷斯带领的lliad 也受到船上卧底九头蛇的猛烈攻击。芭比与 hartley 按照 fury 的指示来毁掉这艘船，但最终 mack 说服了她们以及冈萨雷斯。船上所有神盾局特工一起战胜了九头蛇，夺回lliad。该小组以冈萨雷斯为核心，开始重建神盾局。
九头蛇成员史崔克策反史密斯特工，偷到心灵权杖转移到sokovia，开始制造武器。与此同时，他也和李斯特博士一起开始收集inhuman。专心从事研究工作的史崔克迎来一对神奇的姐弟（女巫与快银）自愿作为史崔克的试验品。
之前一直伪装成千里眼的加勒特被 coulson 团队识破诡计，在汉德的帮助下活捉加勒特并由汉德带走关押。
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