民政府专门派梅汝敖。
哲逊等人为第一批法官代表出席东京审判的开幕。梅汝敖时任国民政府立法院外交委员会代委员长，早年毕业于芝加哥大学的法律专业，并取得了博士学位。向哲逊检察官早年间在耶鲁大学求学，取得法学博士学位，当时担任江浙地区的首席检察官。在接到国民政府的命令后，两人又积极组建了一批精通国际法、英语的顾问，积极搜集整理日本在战争中的最新证据。除过我国，还有英、美、新、加、奥、法、印、飞和苏十国派出的十名法官。最终，11名法官组成了审判庭，由澳大利亚的韦伯法官担任庭长。但一开始这11人审判庭就发生严重的分歧，为此之争，当时韦伯法官以自己喜恶将我国作字直接由第二降至第三，将与他关系亲近的英国法官调到第二。这么一来，他便被英美包围，方便意识，但我国在二战中损失巨大，受到迫害最多，牺牲最大，在日本投降书也是第二个签字。
如今韦伯仅以自己的私人喜好就随意调动中国的位置，不仅是对中国的不尊重，还有在审理中方便与英美派交头接耳的意图。对此，梅汝敖强烈反对，愤而离席，表示绝对不接受韦伯的私人安排。期间，韦伯不仅几次三番两次的威胁梅汝敖，称他这样做不仅会破坏中美关系，还会惹怒盟军统帅麦克阿瑟。对此，梅汝敖还是寸步不让，拒不接受韦伯的私自安排，更是表示自己的政府也绝不接受这样的安排。
当时距离审判正式开始仅剩一天时间，韦伯还在刁难我国，没一会儿又以彩排为由，让梅汝敖暂时先按照第三的位置拍照，晚上再商量。没想到梅汝敖立马。就识破他的计谋，拒不答应。外面都是摄像机，即便是彩排，但只要梅汝敖往第三的位子上一坐，这件事便板上钉钉。无奈下，韦伯在和英美法官的三次商量下，最终决定按照中国第二的位置进行正式审判。这件事可大可小，看起来只是一个座位，实则表现出了西方国家当时对待我国的态度，这也为东京审判之艰难埋下了伏笔。至于这其中的多方纠葛，更是为审判带来了更大的难度。其一，这场审判由美国大包大揽，从采用的英美诉讼体系到审判庭的统帅、定罪、量刑范围等多方面都是美国一手操办。
正是出于避险，美国才任命韦伯为庭长。而在这之前，美国方面便已做好了不予起诉裕仁天皇以及日本皇室的决定，致使侵华战争的罪魁祸首逃之夭夭。美国之所以这么做，最主要是想留存力量对抗苏联，那么日本在二战时期的细菌实验便就成了他非常需要的东西，这也是731细菌部队创始人石井四郎能逃过一劫的最重要原因。靠着这笔交易，美国成功拿到细菌实验的详细资料，具体负责人继续逍遥法外。而发动南京大屠杀的元凶朝襄公、镇燕王则因为日本皇室身份也没有被追责。
早在1945年的九月和12月，麦克阿瑟就曾下令分四次对二战中的主要战犯进行逮捕。可惜的是，由于当时盟军给这些罪犯的缓冲期太长，导致很多日本罪犯趁机自杀，或是逃之夭夭，或是走美国后门，请求网开一年。裕仁天皇就是后者。虽然当时美国政府没有在第一时间对日本皇室采取行动，但澳大利亚和联合国强烈要求惩治日本皇室，特别是元凶裕仁天皇。当时的天皇是享有绝对的至高无上的军政权力，根本不是现在的吉祥物。此时的裕仁天皇非常焦躁，敢做不敢当的他生怕自己被抓去审判，彻夜难眠。1945年12月，随着他的首席谋臣穆虎幸一等人被抓捕入狱，遇人的恐惧到了极点，于是他怀着忐忑心情求见了麦克阿瑟，两人促膝长谈一小时。并未公布，但不外乎此后皇室权力被架空成为吉祥物。
总之，日本皇室在美国的特意包庇下顺利脱身，而且因为遏制苏联的考虑，美国对其他战犯也并没有赶尽杀绝，反而有意包庇，这无疑是给审判带来巨大阻拦。法庭上，英美法官以证据不足等原因为很多罪大恶极的罪犯开脱，导